При сборке пакетов, крайне не рекомендуется изменять исходный код. Если нам все-таки необходимо это сделать — пользуемся менеджерами патчей dpatch или quilt.

Using DPatch

1. Устанавливаем dpatch

apt-get install dpatch

2. В список зависимостей Build-Depends, который находится в debian/control, добавляем dpatch
3. Создаем папку:

mkdir debian/patches

4. С помощью команды dpatch-edit-patch создаем наш патч. Утилита откроет консоль с копией исходников. Все сделаные изменения будут собраны в diff.

dpatch-edit-patch 01_our_new_patch

5. Файл debian/patches/00list указывает порядок исполнения. Добавляем название нашего патча в список :

echo 01_our_new_patch >> debian/patches/00list

6. В файл сборки debian/rules добавляем:

include /usr/share/dpatch/dpatch.make
...
build: build-stamp
build-stamp: patch-stamp
    ...
    build stuff here
    ...
clean: unpatch
    ...
    clean stuff here
    ...
...

original link: HowTo use dpatch